Muğamatşünas sözü ərəb mənşəli "məqamat" və fars mənşəli "şünas" sözlərinin birləşməsindən əmələ gəlmişdir. "Məqamat" ərəb dilində "məqamlar", yəni musiqidə müəyyən bir əsas səs ətrafında qurulan və müəyyən bir lad sistemini əks etdirən melodik formaları, musiqi janrlarını bildirir. "Şünas" isə fars dilində "bilən", "tədqiqatçı", "mütəxəssis" mənalarını verir. Beləliklə, muğamatşünas sözü əslində "muğamatları (məqamları) bilən, araşdıran, mütəxəssis olan şəxs" mənasını ifadə edir.
Lüğətlərdə qeyd edildiyi kimi, muğamatşünas termininin əhatə etdiyi sahə, əsasən, şərq musiqisinin, xüsusən də Azərbaycan muğamlarının tədqiqi, təhlili və təbliği ilə məşğul olan mütəxəssisləri əhatə edir. Bu, yalnız muğamların ifaçılığını deyil, həm də onların tarixini, estetikasını, nəzəriyyəsini, strukturunu və folklorla əlaqəsini öyrənən alimləri, tədqiqatçıları və musiqişünasları da əhatə edir.
Muğamatşünas termininin istifadəsi, məsələn, "O vaxt Şirvanda Mahmud ağa adında bir muğamatşünas var idi" cümləsində olduğu kimi, konkret bir şəxsi muğam sahəsindəki bilik və bacarığına istinadən ifadə edir. Bu cümlədə Mahmud ağanın sadəcə muğam ifaçısı olmadığı, həm də muğamlar haqqında dərin biliyə malik olduğu, bəlkə də onları tədqiq etdiyi və ya tədris etdiyi fikri önə çəkilir.
Muğamatşünas sözü, musiqişünas sözündən fərqli olaraq, daha spesifik bir sahəni, yəni muğam musiqisini əhatə edir. Musiqişünas daha geniş bir termini əhatə edərək, müxtəlif musiqi növləri ilə məşğul olan mütəxəssisləri də özündə birləşdirə bilər.